Notre Dame des Accoules (collégiale de la ville basse), devait son nom à sa structure en forme d’arc (quasi per angulos et arcuatim constructa), quelques auteurs croient que le mot Accoules a pour étymologie deux mots latins : acquis fluentibus (à cause d’une source qui coule toujours à proximité, qui alimentait dans l’Antiquité un ruisseau dont on a retrouvé la trace vers le port, dans la fouille de la place Jules-Verne). Cependant l’église des accoules étant de style gothique méridional, la première hypothèse serait la bonne. Suivant la tradition cette église a été bâtie sur les ruines du temple de Minerve. En 1033, les religieuses de Saint Sauveur reçues dans l’enclos de Notre Dame des Accoules, en furent les rectrices. En 1060 la mention (Sancta Maria ad Acuas), l’associe aux biens du monastère qui est alors rattaché à l’abbaye Saint-Victor. Dès 1064, la délimitation de la paroisse est réalisée avec celle de Saint-Martin. On rendait la justice devant le portail de l’église aujourd’hui place du palais.
L’église fait l’objet d’une reconstruction en 1205, connue par une inscription sur une colonne que l’on a conservé. L’église a dû être reconstruite au xive siècle car elle présentait des caractéristiques gothiques : avant sa destruction, elle était divisée en cinq travées, matérialisées à l’extérieur par des arcs-boutants. L’ensemble avait cinquante mètres de long, vingt mètres de large et trois nefs hautes de dix à dix-sept mètres. En 1793 l’église des Accoules accueille les assemblées d’une section communale engagée dans l’insurrection fédéraliste contre la Convention. Après la défaite des fédéralistes, les représentants du peuple en mission dans le département des Bouches-du-Rhône ordonnent de raser les bâtiments qui leur ont servi de « repaires » (arrêté du 17 nivôse an II (6 janvier 1794). L’Hôtel de ville échappe de justesse à la démolition. En revanche Notre-Dame-des-Accoules, comme plusieurs autres édifices, n’échappe pas à la punition infligée à la « ville sans nom ».
La démolition de l’église, mise aux enchères, est attribuée à l’entrepreneur J.-Ch. Caillol le 13 floréal an II (2 mai 1794). Le chantier donne pendant des années à la place du Palais un aspect désolé. Il ne se termine qu’en 1808, après des rappels à l’ordre du préfet Delacroix puis du préfet Thibaudeau, grâce à la main-d’œuvre fournie par les ateliers de charité. De cet important édifice gothique seul le clocher est conservé, épargné car son horloge donne l’heure à tous les travaux du port et de la ville, ainsi que le mur du fond qui a conservé les traces ogivales des trois nefs de l’édifice détruit.
En 1820 une crypte figurant le Saint-Sépulcre surmontée d’un calvaire en rocaille est aménagée contre le mur du fond de l’ancienne église. Devant, la place du Calvaire est nivelée et close par une grille. Le 2 janvier 1820 débute une mission évangélisatrice post-révolutionnaire prêchée dans toutes les paroisses de Marseille. Elle est dirigée par l’abbé de Forbin-Janson, supérieur de la Mission de France, qui prêche dans les quartiers neufs. C’est à lui que revient l’idée du calvaire inspirée par un voyage en Palestine. Dans la vieille ville Eugène de Mazenod, fondateur des Missionnaires de Provence, prêche en langue provençale. Le 27 février 1820 la traditionnelle croix de fin de mission est solennellement érigée sur le calvaire, au soir d’une journée de procession qui a parcouru toute la ville. Dans le contexte d’alliance du trône et de l’autel de la restauration monarchique cette « restauration religieuse » vient symboliquement effacer un acte révolutionnaire et redonner au lieu son ancienne vocation.
La mission et la plantation de la croix se déroulent dans une grande ferveur populaire, mais aussi dans un climat politique troublé. Le 7 janvier 1820 le théâtre de Marseille donne Tartuffe. Un nouveau journal libéral, Le Phocéen, dirigé par Alphonse Rabbe prend pour cible les prêches et tourne en dérision le calvaire et son immense crucifix. La nouvelle de l’assassinat du duc de Berry connue quelques jours avant la procession ajoute encore aux craintes des autorités. Pendant la mission le préfet fait patrouiller les troupes dans la ville, le maire place des observateurs dans les églises. La garde nationale et les troupes jalonnent le parcours de la procession.
Après la mission la place du Calvaire devient un lieu de pèlerinage. En 1821 la congrégation des Missionnaires de Provence prend en charge le service religieux et s’installe à proximité rue du Poirier, dans l’ancienne résidence des chanoines des Accoules. Une chapelle en planches est aménagée devant la crypte. Un projet de construction d’une nouvelle église prend corps, une souscription est ouverte. Le chantier commence en 1824 avant même la délibération favorable du conseil municipal du 5 août 1824. L’ouverture de l’église au culte a lieu le 2 août 1826. Le 27 mai 1828 elle est consacrée par l’évêque Charles-Fortuné de Mazenod, oncle d’Eugène de Mazenod, sous le même vocable que l’ancienne collégiale des Accoules : Notre-Dame-du-Bon-Secours. Ainsi est parachevé l’établissement des Missionnaires de Provence à Marseille, alors que les Missionnaires de France ont dû quitter la ville. La nouvelle église est bâtie à droite du calvaire, encastrée dans les rochers de la montée du Saint-Esprit. La forme du terrain inspire un plan centré et une coupole sur le modèle du Panthéon.
Une façade plane à trois travées avec pilastres et fronton vient masquer la forme circulaire de l’édifice et dialoguer avec celle du palais de justice voisin. En 1940, durant la seconde guerre mondiale, l’église est endommagée par un bombardement. Elle est restaurée en 1951 grâce à un financement au titre des dommages de guerre. Un nouveau chantier se déroule de 2007 à 2013. La source qui coulait sous l’église est canalisée pour remédier aux problèmes d’humidité, la coupole est reconstruite, l’arrondi de l’église rétabli, le clocher restauré.
La cour de la nouvelle église offre aujourd’hui un décor religieux particulier. A droite, la Chapelle du calvaire forme une rotonde avec coupole du début du XIXe siècle. Au fond, des cryptes s’ouvrent sur un amas de faux rochers creusés pour rappeler la grotte de Lourdes, et illustrer une grotte de Marie Madeleine, toutes deux surmontées d’un calvaire. Elle s’anime durant les fêtes de Noël avec la présence d’une crèche. Juste à sa gauche se trouve un monument à la mémoire des victimes de la rafle du Vieux-Port en 1943.
