La confrérie comprenait soixante-douze membres ayant pour mission de consoler les condamnés à mort, de les assister au moment de l’exécution et de les ensevelir. Pour entrer dans la confrérie il fallait « avoir au moins dix-huit ans, être homme de bien et de bonnes renommées, point cabaretier (qui servait du vin au détail et donnait à manger contre de l’argent), tavernier, renieur, blasphémateur, paillard, concubinaire, contrevenant aux lois de Dieu et de l’Église, à moins qu’on ne fasse connaître la ferme volonté de se corriger ». À dater de 1764 les pénitents se vouèrent aussi à l’ensevelissement des forçats morts à l’hôpital de l‘arsenal des galères. Antoine Mascaron, qui fit rebâtir la même année la chapelle Saint-Nicolas, était un ami de Charles de Casaulx, capitaine de la milice bourgeoise de Marseille qui prit la tête des ligueurs et s’empara du pouvoir dans la ville en février 1591 et imposa une « dictature marquant la défaite temporaire de l’aristocratie marchande locale».
Il a été premier consul de 1591 à son assassinat en 1596, événement qui marquera l’expulsion d’Antoine Mascaron. Son fils, Pierre Mascaron fut quant à lui le premier imprimeur à Marseille en 1596 en éditant le livre de Bellaud de la Bellaudière : « Obros et rimos provenssalos ». Mais revenons à la chapelle Bon Jésus, elle est construite en 1597. Saisie à la Révolution, elle est désaffectée, sert d’entrepôt pour les objets en provenance de diverses églises et devient tribunal révolutionnaire en 1793. Elle est vendue aux enchères en 1802. Le 24 octobre 1816 la chapelle tombant en ruine est rachetée par les bourras qui la rendent à sa destination première. Le 18 juillet 1892 la confrérie des pénitents noirs fusionne avec celle des Bourras ; la nouvelle confrérie adopte le costume des pénitents noirs et s’installe dans la chapelle des Bourras qui prend alors le nom de chapelle des pénitents noirs. Pendant la seconde guerre mondiale, sous l’impulsion de son vice-recteur L. Preyre, la compagnie des pénitents noirs attire un groupe de jeunes confrères et tirant parti de sa fonction traditionnelle de visiteur de prison communique avec les résistants arrêtés. Peu après la Libération, Preyre organise le pèlerinage des pénitents noirs à la Basilique Notre-Dame-de-la-Garde. Le dernier prieur de la chapelle sera L. Fontanier qui veille sur la chapelle jusqu’à sa mort en 1960, l’ouvrant au culte et à quelques cérémonies. Il aura la prudence de laisser les collections de la chapelle au musée du Vieux Marseille et au Musée du Terroir Marseillais de Château Gombert. Après l’extinction de la confrérie avec le décès de Fontanier, la chapelle aura une destinée mouvementée. En 1968 un libanais y installe un dortoir pour travailleurs nord-africains. Il est expulsé et la chapelle est vendue aux enchères le 12 juillet 1973 au comité du Vieux-Marseille.
Les locaux se trouvant dans un état de délabrement avancé dû à divers actes de vandalisme avec vol des boiseries, le comité du Vieux-Marseille ne peut faire face aux travaux de restauration et vend la chapelle à une association qui la rend au culte catholique traditionnel après d’importants travaux bénévoles.
