Dès le XVIIe siècle, Le port naturel de l’île de Pomègues est utilisé comme lieu de quarantaine de Marseille pour les navires en provenance de l’Orient. La grande peste de 1722 démontre les limites de cette protection et l’accroissement du commerce génère des projets d’amélioration. Il faut attendre l’épidémie de fièvre jaune de 1820 à Barcelone pour raviver la peur des Marseillais, conduire à la réalisation d’un grand port de quarantaine par la construction de la Digue Berry joignant les îles de Ratonneau et de Pomègues et des lazarets de Caroline et du Frioul.
La construction de ces ouvrages sanitaires sur des îles dépendantes de l’armée heurte les sensibilités des autorités militaires. Cette perte d’autorité est accentuée par l’ouverture de ces carrières en 1822 sur les îles lors de l’agrandissement des ports de Marseille. La Digue du large de 7 km achevée en 1925 et les bassins du Port de la Joliette sont alors construits à partir des pierres des nouvelles carrières ouvertes sur l’archipel tout comme le Palais de la Bourse et son nouveau quartier ainsi que la rue Impériale, aujourd’hui rue de la République ou encore la Porte d’Aix.
Aujourd’hui pour limiter le piétinement de la végétation et préserver la tranquillité des zones de nidification des oiseaux, un réseau de cheminements balisés sur les secteurs les moins sensibles a été mis en place.
Ainsi, depuis 2002, l’association Alpes de Lumière, spécialisée dans le travail de la pierre sèche et la restauration du patrimoine bâti, réalise ces aménagements avec des stagiaires, des bénévoles et des habitants de l’île. Pour préserver le caractère minéral du site et assurer une parfaite intégration paysagère, les sentiers sont réalisés avec des pierres triées et récoltées dans les anciennes carrières du Frioul. L’utilisation unique de pierre accompagnée parfois de l’emploi de chaux permet de conserver le caractère naturel du site.
Des pans de la carrière menacent aujourd’hui de s’effondrer empêchant l’utilisation des terrains de tennis et de sport construit par le Centre Léo Lagrange en contrebas. L’accès est strictement interdit. Un projet de complexe hôtelier 3 étoiles de 50 chambres avec un spa, « Le Comte de Monte Christo » a un moment été envisagé dans le Pavillon Hoche au pied des carrières mais finalement abandonné.