Jean Bouin naît rue Coutellerie à Marseille. Il a une sœur, Antonie Louise surnommée Nini (1885-1962). Ses parents divorcent (le 28 juin 1894), et sa mère Berthe Pioch (1859-1922) se remarie avec un dénommé Galdani quelque temps après. Il habite au 111 rue Consolat à Saint-Charles et est scolarisé à l’école des Chartreux dans le quartier des Cinq Avenues où Jean Bouin a comme instituteur Joseph Pagnol, le père de Marcel Pagnol, popularisé par La Gloire de mon père, premier tome de Souvenirs d’enfance. C’est à cette époque qu’il rencontre un camarade, son futur grand ami Joseph Granier, puis sa sœur, Rose Granier (1886-1987) qui devient bien plus tard sa compagne. Adolescent, Jean Bouin pratique de façon assez intensive plusieurs sports dont l’escrime et la gymnastique. En octobre 1903, il se rend au parc Borély assister à l’entraînement de coureurs de marathon, dont le localement célèbre Louis Pautex.
À la suite de cette rencontre avec Louis Pautex, qui devient plus tard son mentor, Jean Bouin commence la pratique de l’athlétisme et participe à la création du « Club athlétique de l’école de l’industrie ». L’athlète britannique Alfred Shrubb est alors son idole et motivera plus tard ses différentes tentatives de records du monde. Le 28 février 1904, il remporte la première course à laquelle il participe, un cross-country de 10 000 mètres avec handicap. Il est remarqué : un banquier de la Société générale de La Canebière lui offre un emploi de coursier et il quitte le petit club qu’il a créé pour entrer au « Phocée Club de Marseille ». Avec son nouveau club, il remporte à nouveau un cross le 14 mars. Le 24 avril, il remporte un 1 000 mètres. Sur la saison 1904, il remporte quatorze des dix-sept courses auxquelles il participe. Le 8 janvier 1905, il participe à sa première épreuve en dehors de Marseille, à Lyon sur le challenge Ayçaguer (un cross de 11 km) sur lequel il termine neuvième. En juin 1905, son beau-père Galdini parvient à le convaincre de participer à une course à Gênes en Italie : Jean Bouin s’y rend, remporte la course et s’aperçoit que Galdini a déjà encaissé le prix de la victoire : cet événement marque la rupture définitive des relations — déjà ténues — entre Galdini et Jean Bouin. Il quitte le domicile de Galdini et de sa mère, et s’en va d’abord habiter quelque temps chez les parents de son ami Joseph Granier et de sa compagne Rose, rue de Rome. Le 8 août 1905, il remporte un 5 000 mètres en 18 min 20 s, puis en septembre, il remporte le Critérium de Provence.
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