Après avoir été une maison congréganiste en 1899, il devint le deuxième lycée de jeunes filles ouvert à Marseille, pour répondre à une demande croissante au début du xxe siècle (succédant ainsi au lycée Montgrand). Pour sa première rentrée, en octobre 1906, le lycée Longchamp regroupait 243 élèves : 146 pour le primaire et 91 pour le secondaire (car à l’époque les lycées ne se limitaient pas aux seules études secondaires). Pendant la Première Guerre mondiale, il fut occupé par la Croix-Rouge qui transforma une partie de ses locaux en hôpital, les cours ayant eu lieu dans d’autres salles du lycée et d’autres bâtiments du boulevard Longchamp. Ce pôle de santé complémentaire se maintiendra jusqu’en novembre 1916.
La première guerre terminée, la croissance du lycée s’accéléra, de sorte qu’initialement prévu pour accueillir 500 élèves, celui-ci avait atteint sa capacité maximale.
Dès juillet 1920, des projets d’agrandissement de l’établissement ont été envisagés pour répondre à la demande, mais la ville de Marseille, déjà très engagée sur d’autres dossiers (dont l’aménagement du lycée Périer), refusa d’y souscrire. À partir de 1930, les effectifs explosèrent, avec plus de 900 élèves dans ses locaux. Une augmentation rapide qui s’expliquait par l’élévation sensible du taux de scolarisation féminine. Vînt ensuite l’extension progressive de la gratuité aux classes du second degré, qui privera l’établissement d’une partie de ses ressources (loi de finance 1930), ce qui engendra des difficultés à gérer et entretenir le lycée pour de nombreuses années. C’était sans compter l’épreuve d’une nouvelle guerre (1939-45), où à la différence de celle de 1914-18, le lycée conservera la maîtrise de ses locaux. Pour des raisons de sécurité, de réguliers exercices étaient organisés, comme le port des masques à gaz ou les descentes dans les abris aménagés dans la cour de récréation (tranchées peu claires et aérées, mais qui sauvèrent des vies lors de bombardements).
Il servira même temporairement de refuge aux garçons du lycée Saint-Charles, dont l’établissement avait été transformé en camp militaire, et abritera aussi les élèves de l’École normal d’institutrice d’Aix et une préparation à l’école normal supérieure.
En 1945 la rue Thomas où se situe l’établissement, se transforme en rue Jean de Bernardy. Thomas était l’une des gloires du barreau de Marseille au 19ème siècle, député puis Préfet des Bouches du Rhône. De Bernardy était un résistant héroïque, mort les armes à la main, qui fit ses études au Lycée Saint Charles. Il fallut attendre 1978 pour que la mixité apparaisse au lycée Longchamp. Et ce n’est qu’en 1982 que l’établissement devint enfin un collège, conformément à la loi Haby. Le collège dispose à ce moment d’une vaste cour de récréation avec sa dizaine de platanes, de salles de Technologies, sur deux niveaux, de l’immense réfectoire B, où s’étiraient 2 longues séries de tables, d’un CDI, placé en plein cœur de l’ancienne chapelle, et qui était orné de voûtes en ogives au style gothique, d’un couloir administratif, qui s’étirait au pied de l’Aile Est, accessible depuis l’entrée des professeurs et où se regroupaient : le bureau du Principal, les secrétariats et l’intendance.
On y trouve également des salles de sciences, regroupées au 1er étage et qui jouxtaient des laboratoires de S.V.T abritant des collections de fossiles et expériences en tout genre.
Le son second étage, dédié principalement aux langues vivantes. Un gymnase, à la façade habillée de tôle ondulée verte et qui surplombait : les vestiaires, les 2 salles de gymnastique ainsi que la vaste salle de permanence. Et enfin, la cour d’honneur, où les élèves se rendaient chaque année, pour la traditionnelle photo de classe. La fin des années 1990 voit un self moderne se construire au détriment des salle de permanence, cantine, et Réfectoire B. De 2007 à 2011, se déroula en plusieurs phases, une profonde restructuration de l’établissement, qui s’est faite au prix d’une démolition partielle des lieux. Ce travail de reconstruction à la fois intérieur et extérieur, passa entre autres par la refonte de la cour de récréation, qui chapeaute maintenant un parking souterrain de 55 places, une fusion du CDI et de l’Aile des Sciences, qui donne lieu aujourd’hui à un Centre de Documentation et d’Orientation plus volumineux, avec la présence d’une Mezzanine, la démolition des bâtiments de Technologie et du terrain de lancer de poids, pour construire un grand Amphithéâtre en sous sol et un bâtiment des Sciences tout neuf, au-dessus, la réhabilitation de la cour d’honneur, avec un nouveau style épuré, séparé des nombreuses essences d’arbres qui la parsemaient.
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