En 1841, le maréchal Soult, ministre de la guerre, créa une commission chargée de l’étude de l’implantation et de la construction à Marseille d’un hôpital militaire de 500 lits. L’emplacement choisi fut celui du quartier de Notre -Dame du Mont. La construction confiée au Génie débuta en 1843 pour s’achever le 30 septembre 1848. Les premiers malades furent admis à la fin du mois d’août et dès ce moment, les entrées militaires cessèrent aux hospices de l’Hôtel Dieu et du Lazaret. En 1905 Marseille fut choisie afin d’accueillir l’Ecole d’Application du service de Santé à laquelle Michel Levy fut rattaché comme hôpital d’instruction. La capacité prévue de 500 lits s’avéra très vite insuffisante dès la première année suite à une épidémie de choléra.
En 1853, durant la guerre de Crimée, depuis le centre d’évacuation de Constantinople, de nombreux navires amenèrent à un rythme accéléré blessés et malades sur Marseille.
En 1855, l’hôpital militaire Michel Levy absorbe 11 889 entrants. L’engorgement le menace d’où la création de nombreux hôpitaux annexes (hôpital de la Corderie, réservé aux fiévreux et aux vénériens, hôpital Caroline aux îles du Frioul). Par décret du 29 octobre 1913, à la veille de la grande guerre, l’hôpital militaire reçu le nom de Michel Levy et conserve la spécificité de traiter les blessés les plus graves. Pendant la Grande Guerre, outre les blessés du front de France, Marseille reçu également ceux des expéditions des Dardanelles et de Salonique. Les dispositions prises précédemment permirent de porter la capacité de l’établissement à 1 100 lits. Cela s’avérait cependant insuffisant et les hôpitaux complémentaires portèrent l’accueil à 3500 lits.
L’autorité militaire construisit en 1914, les baraques d’Adrian au quartier de la Rose afin d’y isoler les contagieux ; ces bâtiments devaient devenir l’hôpital Labadie qui devait être rattaché à l’hôpital Michel Levy en 1925 tout en gardant sa spécificité ; un service de tuberculeux, un de vénériens et un de fièvres éruptives.
Cet hôpital qui aurait dû fermer ses portes en 1921, poursuivit sa carrière jusqu’en 1959, date à laquelle il fut rasé pour laisser place au chantier du futur hôpital Laveran. L’hôpital d’instruction prévu par les textes de création de l’école d’application de Marseille n’a jamais vu le jour. En 1909, devant l’afflux des blessés, victimes de la guerre du Maroc, les services cliniques de l’hôpital militaire Michel Lévy de Marseille sont « cédés » aux troupes coloniales. Les nouveaux agrégés, spécialistes et assistants de ce Corps de santé en assurent la direction et le fonctionnement en même temps que la formation pratique et clinique des nouvelles promotions de médecins coloniaux.
A la fin de la guerre d’Algérie, la perte de l’empire colonial français le prive de l’essentiel de sa clientèle tropicale et de sa spécificité acquise depuis sa fondation.
En 1963, l’hôpital militaire Michel Lévy est fermé et le nouvel Hôpital d’Instruction des Armées A. Laveran assura la continuité en matière de traitement des affections tropicales. En 1965, la ville de Marseille décide d’acquérir l’hôpital Michel Levy qui est remis à l’Assistance publique à laquelle il appartiendra jusqu’en 1987.
Terrains et bâtiments sont vendus aux enchères en 1988 pour faire place à des immeubles d’habitation.
Né à Strasbourg le 28 septembre 1809, fils d’un modeste drapier strasbourgeois, Michel Lévy réussit le concours d’entrée à l’hôpital militaire d’instruction de Strasbourg en 1830. Il participe à la campagne de Morée et au siège d’Anvers, et soutient sa thèse à Montpellier en 1834. En 1837, il est nommé professeur titulaire de la chaire d’hygiène et de médecine légale de l’hôpital de perfectionnement du Val-de-Grâce, à Paris. Médecin premier professeur en 1850, il est élu à l’Académie de médecine. En 1851, il est nommé médecin inspecteur et devient ainsi le seul général israélite du second Empire. Il participe à la campagne de Crimée comme directeur et inspecteur permanent du Service de santé de l’Armée d’Orient en Turquie et en Crimée, où il met en place des mesures éprouvées d’hygiène pour lutter contre une épidémie de choléra. En 1856, nommé directeur de l’École impériale d’application de la médecine et de la pharmacie militaires au Val-de-Grâce, il organise l’école selon des principes qui sont toujours d’actualité. En 1857 Lévy fut président de l’Académie nationale de médecine.
Mort à Paris le 19 mars 1872, il est inhumé au cimetière du Père-Lachaise.