Le film est découpé en trois actes. En 1815, lors d’un voyage en mer Méditerranée, Edmond Dantès sauve, contre les ordres de son capitaine, une naufragée nommée Angèle. Cette dernière est porteuse d’une lettre de Napoléon que le capitaine Danglars lui prend. Arrivé à Marseille, Danglars se plaint du comportement de Dantès auprès de l’armateur Morrel qui renvoie Danglars pour avoir manqué à son devoir de sauver les naufragés et nomme Edmond à sa place. Le futur capitaine se rend ensuite au château des Morcerf où son père travaille comme majordome et dont il est devenu le pupille. Il y retrouve d’abord Mercédès de Morcerf, sa compagne, et lui annonce sa glorieuse promotion qui lui permettra de l’épouser. Puis il fait part de ce mariage à son ami Fernand de Morcerf, le cousin de Mercédès, qu’il souhaite également prendre pour témoin. Le jour de la cérémonie à l’église, alors qu’il est sur le point d’être marié, Edmond Dantès est arrêté et amené devant Gérard de Villefort, substitut du procureur du roi à Marseille, qui lui apprend qu’il est accusé de bonapartisme. Ce dernier, devant le jeune homme qui clame son innocence, pense le faire libérer. Dantès lui annonce qu’il connait le nom de la rescapée du naufrage, Angèle. Villefort incarcère temporairement Dantès le temps d’interroger Gaspard Caderousse et Danglars. En fait, il s’accorde en secret avec les deux hommes ainsi qu’avec Fernand de Morcerf, pour se débarrasser d’Edmond. Villefort est le frère d’Angèle, ce qui explique sa conspiration avec Danglars, Fernand et Caderousse. Quand Angèle exige qu’il libère Edmond en le menaçant de révéler sa liaison et son enfant adultérin avec Victoria sa maîtresse, il la neutralise.
Edmond est emprisonné au château d’If. Après quatre années de détention, il surprend l’abbé Faria, un homme religieux érudit, creusant un tunnel depuis son cachot afin de s’évader. Ce dernier lui propose de l’assister dans son entreprise et Edmond accepte. Durant les dix années qui suivent, une relation de mentor à élève se noue entre les deux captifs : Faria transmet à Edmond tout son savoir et finit par lui révéler qu’il est le dernier des Templiers, gardien de leur trésor caché dans l’île de Monte-Cristo. Après une décennie d’efforts, les deux hommes pensent toucher au but : l’abbé commence à sentir des gouttes d’eau salée lui couler sur le visage, signifiant que la sortie est proche. Soudain, un éboulement se produit et recouvre intégralement son corps. Même si Edmond parvient à l’extraire des décombres, l’abbé meurt quelques instants plus tard. Edmond saisit l’occasion pour s’enfuir en prenant sa place dans le sac mortuaire, avant d’être jeté à la mer par-dessus les remparts de la prison. Edmond rejoint le rivage et se rend immédiatement au domaine des Morcerf où il est surpris par l’une des domestiques, qui lui apprend successivement : la mort de son père (qui s’est laissé mourir de faim après l’incarcération de son fils), le mariage de Fernand avec Mercédès (qui vivent depuis plusieurs années à Paris) et la naissance de leur fils, Albert. Désormais seul, il s’empare d’un bateau laissé en rade dans les calanques et se rend sur l’île de Monte-Cristo. Suivant les instructions laissées par l’abbé Faria, il découvre le trésor des Templiers, lequel fait de lui un homme richissime.
Une année plus tard, Edmond retourne à Marseille. Déguisé en abbé, il retrouve Gaspard Caderousse qui lui raconte la machination qui l’a jeté en prison : le procureur Villefort a convaincu Morcerf, qui voulait se débarrasser d’Edmond pour épouser Mercédès, de signer une lettre le désignant comme agent bonapartiste, ce qu’ont confirmé Caderousse et Danglars en témoignant l’avoir entendu tenir des propos en faveur de l’Empereur. Il révèle aussi à Edmond que Danglars a rendu service à Villefort en le débarrassant de sa sœur, donnée aux proxénètes de Marseille, les frères Maillard. Quant à Morrel l’armateur, il a été ruiné par Danglars qui lui a volé sa flotte en la prétendant interceptée par des pirates, le poussant dans la misère. Il a ensuite racheté son commerce puis a fait fortune, se servant de cette flotte pour le commerce d’esclaves. Edmond se rend alors au chevet d’Angèle, prostituée mourante. Elle lui confie qu’elle s’est enfuie pour se venger de son frère, Villefort. Alors qu’elle s’apprêtait à l’assassiner, elle l’a aperçu enterrant un enfant vivant : André, son fils adultérin avec Victoria. Angèle a sauvé le nourrisson en le déposant à l’hospice des enfants trouvés, avant d’être reprise par ses souteneurs. Edmond, se présentant comme le « Comte de Monte-Cristo », retrouve André dont il va faire son acolyte dans la vengeance, sous le nom de : prince Andrea Cavalcanti.
Cinq années s’écoulent ; la vengeance débute. Au terme d’une cérémonie pendant laquelle le général Fernand de Morcerf annonce se retirer de l’armée pour rentrer à la Chambre des pairs, un voleur lui arrache sa broche de la Légion d’honneur. Il est poursuivi par Albert, qui tombe dans une embuscade dont il est sauvé par Monte-Cristo. Le Comte laisse Albert assommé sur le pavé avec un pistolet portant ses armes, puis repart avec les bandits, en réalité à sa solde. Cette fausse altercation lui permet de rencontrer Fernand de Morcerf, qui l’introduit à son tour auprès du baron Danglars ainsi qu’auprès du procureur Villefort. Le prince Cavalcanti est présenté aux trois hommes lors d’une chasse, et Dantès l’utilise pour séduire Eugénie, la fille de Danglars. Il emploie également la jeune et ravissante Haydée, qu’il présente comme sa pupille, pour séduire Albert de Morcerf. Profitant de la naïveté et de l’inexpérience du jeune homme, le Comte lui fait promettre d’exclure tout rapprochement avec la demoiselle, tout en espérant qu’Albert en tombera amoureux et manquera à sa parole. La chasse terminée, et avant de le laisser regagner sa demeure, Fernand présente le Comte à son épouse, Mercédès. Monte-Cristo demeure impassible, alors que le visage de Mercédès est aussitôt troublé lorsqu’elle reconnaît son ex-fiancé.
Un soir, Monte-Cristo reçoit les familles Danglars, Villefort et Morcerf dans la maison où Victoria a jadis accouché d’André. Elle reconnait d’ailleurs instantanément la demeure à sa descente du carrosse, tout comme Villefort. À la fin du repas, Monte-Cristo raconte l’histoire terrifiante d’un infanticide qui hanterait les murs de la bâtisse : un bébé aurait autrefois été enseveli vivant par son propre père dans le jardin qui entoure la propriété. Villefort se crispe ; Victoria peine à masquer son angoisse tandis que son mari, Danglars, semble apprécier tout particulièrement les talents de conteur de son hôte. Ce dernier poursuit son récit et confesse également avoir trouvé, dans le jardin, un coffre qui pourrait contenir le corps de l’enfant. Il invite alors les convives à le suivre pour procéder à son ouverture. Victoria et Villefort ne parviennent plus à cacher leur malaise. Le coffre s’avère vide.
Après le dîner, Victoria exige des explications de son ancien amant : elle veut savoir où se trouve la dépouille de leur enfant. Le procureur ne répond pas. Sentant leur secret d’infanticide en danger d’être ébruité, il enquête sur le Comte. Il rend visite à Lord Halifax, que Monte-Cristo a présenté comme un ennemi qui utiliserait son journal l’Impartial pour manipuler les cours de bourse afin de s’enrichir. Lord Halifax, qui n’est autre que le Comte lui-même déguisé en homme d’affaires britannique, calme les soupçons de Villefort. Haydée et André poursuivent chacun leurs entreprises de séduction, fructueuse pour Haydée qui tombe elle aussi amoureuse d’Albert, stérile pour André qui couvre les amours homosexuelles d’Eugénie avec sa professeure de chant, Suzanne.
La vengeance longtemps préparée s’accomplit. L’Impartial, le journal d’Halifax, annonce le vol de l’entièreté de la flotte de Danglars à Marseille, provoquant l’effondrement de ses actions en bourse. Le télégraphe militaire, auquel accède Fernand de Morcerf en sa qualité de général, lui permet de prévenir Danglars que cette nouvelle est fausse. Danglars emprunte alors au Comte de Monte-Cristo la somme nécessaire au rachat des actions, mettant tous ses biens en garantie de ce prêt, dans l’attente de la remontée des cours et l’espoir d’empocher une belle plus-value. Puis, Danglars, avec l’aide de Villefort, porte plainte contre Lord Halifax pour diffamation car il le croit responsable de cette fausse nouvelle. Ce dernier est absent au procès ; il s’y fait représenter par Andrea Cavalcanti qui se lève et prend la parole à la barre.
Le jeune homme révèle à l’audience du tribunal qu’il est le fils adultérin de Villefort, lequel a tenté de le faire disparaître. Villefort nie en bloc et menace son fils de poursuites, mais quitte finalement la salle en silence pour ne pas déshonorer son ancienne maitresse, présente dans l’assistance. Le juge suspend alors la séance et tandis que la salle se vide, André révèle à sa demi-sœur Eugénie qu’il l’a séduite pour se venger. Il n’aurait jamais pu l’aimer car ils ont la même mère : Victoria, devenue Baronne Danglars. Il lui souhaite d’être heureuse avec Suzanne avant de s’en aller. Pendant ce temps, Gaspard Caderousse rachète ses actes passés en capturant la flotte de Danglars à Marseille. En sortant du tribunal, le Comte lui révèle que sa flotte a bel et bien disparu : la fortune de Danglars lui appartient, désormais. Il lui conseille alors de s’exiler pour préserver sa femme et sa fille de la misère. Toutefois, un évènement imprévu survient quelques instants après : ignorant les ordres du comte, André de Villefort, qui poursuit sa vengeance personnelle, assassine son père qui allait être emprisonné, avant d’être abattu par les soldats dans sa fuite.
La mort d’André pousse Haydée à se rebeller contre le Comte, qui est à ses yeux responsable du drame. Elle écrit à Albert pour lui dire de s’enfuir et de l’oublier s’il l’aime vraiment. Désespéré, le jeune prétendant se rend alors chez le Comte et propose à Haydée de fuir avec lui, ce qu’elle refuse en lui demandant de le faire seul. Albert se résigne à partir en lui précisant qu’il mourra car il ne peut vivre sans elle. En entendant ses paroles, elle accepte de partir avec lui mais les deux jeunes gens sont arrêtés dans leur fuite par le Comte et par son majordome Jacopo. Le Comte force alors Haydée à raconter à Albert son histoire : elle est la fille d’Ali Pacha de Janina, qui fut trahi et tué par Fernand de Morcef. Haydée ajoute qu’elle a ensuite été vendue comme esclave et n’a jamais revu sa mère ; devant ses révélations, Albert provoque le Comte en duel car il comprend que ce dernier l’a manipulé et a sali son nom.
Face à la crainte de perdre son unique fils, Mercédès se rend chez le Comte, lui révèle qu’elle l’a reconnu dès qu’elle l’a revu, et le supplie d’épargner son enfant. Il accepte après lui avoir révélé la machination qui a détruit sa vie en lui montrant la lettre d’aveu signée par Fernand.
Lors du duel, le Comte tire volontairement à côté d’Albert. Puis Albert le vise à son tour. Lorsque le carrosse du Comte revient, Haydée voit Dantès en sortir seul. Elle lui crie alors sa haine et l’accuse de lui avoir volé son amour et sa vie et de n’avoir jamais pu lui avouer. Le Comte lui réplique alors qu’elle se trompe. Soudain, le visage d’Haydée s’éclaircit ; Albert sort du carrosse, bien vivant. Les voilà libres de fuir pour vivre leur amour, avec la bénédiction de Dantès. Mercédès, quant à elle, se résout à quitter Fernand car elle ne peut plus vivre avec un homme qui a fait condamner injustement Edmond pour servir ses intérêts. Fernand se rend alors chez le Comte, épée en main, pour en finir avec son rival, qu’il a également reconnu. S’ensuit un duel intense que manque de perdre le Comte, blessé grièvement au ventre. Il survit et épargne Fernand, qui vivra déshonoré, dans la culpabilité de ses trahisons.
Désormais apaisé, Edmond quitte la France, tandis que Mercédès retourne séjourner en Provence dans l’ancien domaine familial. Se rendant à l’église où elle devait s’unir à Edmond vingt-et-un ans auparavant, elle trouve, dissimulée dans une Bible, une dernière lettre de lui où il écrit que la providence les a séparés et qu’elle les réunira peut-être, un jour. Il lui demande de ne pas perdre espoir car : Toute la sagesse humaine sera dans ces deux mots : attendre et espérer !
