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Marseille, 1930. Roch Siffredi, est un jeune voyou récemment libéré de prison. Il rend visite au patron d’un cabaret, dit « le Danseur », pour retrouver sa compagne, Lola, mais aussi parce qu’il est persuadé que le Danseur l’a donné et l’a fait envoyer en prison : il met le feu au cabaret. Il retrouve Lola sur les indications du Danseur, mais celle-ci s’est entichée d’un certain François Capella, truand lui aussi pendant qu’il purgeait sa peine.
Après une rencontre orageuse, les deux hommes deviennent amis et s’associent. Après avoir éliminé la concurrence sur le marché du poisson pour le compte de notables peu scrupuleux, ils se rendent compte qu’ils peuvent en faire plus et décident de conquérir la ville ensemble. Dénués de scrupules et imaginatifs, ils s’attaquent à un des deux parrains de Marseille nommé Poli, propriétaire d’un restaurant et de l’approvisionnement de Marseille en viande, le second étant Marello, le propriétaire d’un casino clandestin. À cause d’une fuite, l’opération de sabotage des entrepôts de viande appartenant à Poli est un échec et ils sont obligés de se retirer. Ils partent alors à la campagne pour se faire oublier, recruter de nouveaux membres dans leur bande, acheter de nouvelles armes et préparer leur vengeance. À leur retour, ils tuent Poli devant son restaurant à l’aide de mitraillettes Thompson, c’est ainsi qu’ils gagnent leur place parmi les notables de Marseille.
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Plus tard, lorsque Maître Rinaldi annonce sa candidature au poste de député, Roch veut intervenir car Maître Rinaldi est l’avocat de Marello, désormais leur concurrent. Capella lui conseille de ne rien faire pour l’instant car ils seraient les premiers soupçonnés. Or, Maître Rinaldi est touché de deux balles alors qu’il joue au tennis, Capella croit que Roch est l’auteur de cet attentat et lui demande des explications.
Peu de temps après, Rinaldi est assassiné à l’hôpital. Le meurtrier n’est autre que le Danseur, qui déteste Siffredi depuis l’incendie de sa boîte de nuit, et de plus espère ainsi provoquer des règlements de compte entre les deux empires criminels, pour tirer les marrons du feu. Malheureusement pour lui, la veuve l’identifie et un membre de la bande de Capella se charge de l’assassiner. Malgré cela, Marello fait tuer des proches de Capella et Siffredi. Réconciliés, les deux amis échafaudent alors un plan audacieux : après s’être rendus au casino de Marello, François doit jouer une partie pendant que Roch tue discrètement Marello, au même moment leur propre bande viendra braquer le casino afin de semer la confusion et de leur fournir un alibi, puisqu’ils font partie des « otages » du gang. Ce plan réussit à merveille et leur permet de prendre le contrôle total de Marseille, face à une police impuissante qui sait parfaitement qu’ils ne sont pas innocents mais qui ne dispose d’aucune preuve pour les arrêter. Roch organise alors une réception pour fêter leur succès mais Capella a décidé de quitter Marseille car il pense qu’ils finiront inéluctablement par s’entretuer. La dernière scène du film montre Capella se faisant tuer d’une rafale de mitraillette à la sortie de la réception ; il expire dans les bras de Roch Siffredi.
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Le tournage de Borsalino débute le 15 septembre 1969. Trois semaines auparavant, le budget qui est calculé en dollars est brutalement amputé de 17%, suite à une dévaluation de la monnaie, obligeant la production et les scénaristes à enlever de longs morceaux du scénario. Le patron de la Paramount, Charles Bluhdorn, récupère tous les droits du film quand Delon demande une rallonge pour terminer le long-métrage. Pour reconstituer le Marseille des années 1930, la production a récupéré des automobiles d’époque et on a transformé plusieurs rues de la ville. L’une des premières scènes tournées est celle de la rencontre suivie de la bagarre entre Capella et Siffredi. Le cascadeur Yvan Chiffre, imposé par Delon, est chargé de coordonner la séquence. Toutefois, Deray ne s’entend pas avec Chiffre, le réalisateur n’accepte pas le passe-droit du cascadeur et insiste pour dire qu’il est le seul maître à bord. Lors d’une séance préparatoire pour la scène, Deray indique à Chiffre qu’il veut une scène similaire à celle de L’Homme tranquille entre John Wayne et Victor McLaglen, mais le cascadeur est dubitatif en raison de la morphologie de Belmondo et Delon, provoquant la colère de Deray. La scène est tournée selon le souhait du réalisateur, mais deux jours plus tard, à la suite de la projection des rushes, Chiffre dit que la scène sonne faux. Delon et Belmondo insistent pour retourner la scène selon ses indications, irritant le metteur en scène, mais celui-ci doit se plier aux volontés des deux stars.
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Deray reconnaîtra plus tard que Chiffre avait raison après une projection de la nouvelle version. Une autre scène pose également problème, celle où l’ancien catcheur André Bollet, qui incarne le caïd Poli doit gifler Nicole Calfan, qui interprète une jeune femme s’étant entichée de Capella. Bollet devait s’arrêter à un centimètre de la joue de Calfan, mais avait peur de lui faire mal. Delon dit à Bollet de lui mettre une vraie gifle pour la scène, qui sera tournée en une seule prise, tout en prévenant la jeune actrice et en ajoutant que Belmondo et lui apporteront de la glace pour atténuer la douleur.
Le tournage se passe dans la bonne humeur, comme le prouve cette anecdote, entre deux prises, sur le port où Delon et Belmondo parient la somme de mille francs avec un gendarme qu’il n’est pas capable de sauter dans l’eau tout habillé, ce que le fonctionnaire accepte de faire. Les deux acteurs vedettes se sont bien entendus durant le tournage, ils sont en « compétition amicale » d’après le maquilleur et grand ami de « Bébel », Charly Koubesserian.
