L’idée d’installer un jardin zoologique sur le Plateau Longchamp germe dès l’aménagement des jardins en 1854 mais ce n’est qu’en 1856 que le zoo est construit. Ce dernier occupe une surface de 5 hectares après s’être rapidement révélé trop petit ce qui a amené la municipalité à agrandir le jardin au delà de l’actuel boulevard Cassini. Le zoo était ainsi séparé en deux parties reliées entre elles par un petit pont enjambant le boulevard. Les collections d’animaux semblent importantes dès les débuts du zoo (près de 2000 oiseaux de 1250 espèces différentes sans compter des dizaines d’espèces de mammifères et probablement quelques reptiles ce qui représentait alors 2 450 animaux au total).
Montricher a relié le passage du plateau au zoo par un escalier qui sera doublé quelques années plus tard. Cet escalier est placé le long d’une cascade créée par Montricher et qui rappelle le rôle de château d’eau du Palais Longchamp tout en servant de lieu de vie à plusieurs espèces d’oiseaux d’eau comme des canards et des flamants roses.
Les cages visibles actuellement dans le jardin datent probablement de 1899. Plusieurs sont toujours visibles comme la cage des ours, celle des loups, plusieurs volières (la petite et la grande), les cages des fauves etc. On trouve également des bâtiments construits pour servir d’abris aux animaux. Ces bâtiments avaient un style propre au pays d’origine de l’animal. Ainsi, on peut toujours observer le bâtiment de la girafe et celui de l’éléphant et d’autres petites constructions ayant servi d’abris à des cervidés et des antilopes. Parmi les principales espèces présentées dès les débuts du zoo en 1856 et jusqu’à la fermeture de celui-ci en 1987.
À leur mort, les animaux allaient enrichir considérablement les collections du Muséum voisin. Bon nombre des spécimens naturalisés visibles actuellement au Muséum sont issus du Jardin zoologique car la ville était propriétaire des dépouilles d’animaux et pouvait fournir ainsi son Muséum mais aussi la Faculté des Sciences. Le zoo a rencontré très tôt des soucis financiers chroniques. À l’origine une société exploitait ce dernier puis devant les problèmes financiers, la municipalité a décidé de prendre l’administration du jardin zoologique dès 1863 car le zoo se révélait le complément idéal du Muséum. Les problèmes financiers rencontrés à la fin des années 1980 auront cependant raison du zoo de Marseille et celui-ci fermera définitivement ses portes en 1987.
Voici la description précise que fait le zoologiste Gustave Loisel après une visite réalisée au Jardin zoologique de Marseille en 1908 et résumée dans son ouvrage sur l’histoire des ménageries :
« D’une grandeur actuelle de 6 hectares, ce jardin est établi au nord de la ville, sur le versant opposé au Palais de Longchamp. Il est divisé en deux parties, par un chemin communal au-dessus duquel se trouve un pont de communication ; de plus, il est coupé, dans sa moitié, par les arches de l’aqueduc qui amène les eaux de la Durance à la ville. Une partie de ces eaux alimente le jardin par une belle et grande cascade au pied de laquelle vivent des oies du Canada. L’eau s’écoule ensuite en un torrent rapide qui va se déverser dans un premier lac couvert de canards, puis elle passe en canalisation souterraine pour aller former un petit étang dans l’autre partie du jardin. Cet étang, qui renferme une petite île boisée, est entouré d’une vaste prairie herbeuse sur laquelle vivent en liberté des goélands cendrés qui se reproduisent régulièrement, des demoiselles de Numidie, des hérons, des cigognes blanches, des aigrettes, des pélicans blancs, des spatules blanches, des cormorans et des canards exotiques.
Tout le jardin est couvert d’une riche et belle végétation, et de grandes allées sinueuses, bien entretenues, en font un délicieux lieu de promenade. Malheureusement, les logements et les collections d’animaux sont loin de présenter le même intérêt. Les plus importantes maisons sont: Un pavillon pour singes décoré extérieurement d’arabesques ; une maison de fauves, petite, mais bien exposée, coquette et présentant, en façade, 4 grandes cages à air libre peintes en vert clair. Chacune de ces cages a un sol élevé et cimenté ; elle est bordée d’un épais talus gazonné et creusée d’un bassin à eau courante ; une faisanderie, assez belle construction en demi-cercle comprenant 14 enclos à air libre avec une grande volière, à chaque extrémité. Chacun des enclos, qui communiquent tous avec des cabanes, est pourvu également de bassins à eau courante et quelques-uns sont joliment ornés de plantes grimpantes.
D’autres logements moins importants et tous à air libre, avec refuges, sont disséminés un peu partout : grandes et belles cages pour carnivores ; fosse aux ours s’ouvrant d’un côté de plain-pied sur le jardin ; enclos pour ruminants (dont 3 chèvres à longues oreilles du Mont-Carmel), bien ensoleillés mais munis de maisonnettes qui font penser à des jouets d’enfant ; enfin nombreuses volières à air libre, avec, en particulier, des pigeons des Seychelles.
La collection d’animaux, relativement peu importante, renfermait, au mois d’avril 1908, 106 mammifères et 450 oiseaux ; ces derniers étaient des représentants d’espèces communes choisies sans aucun souci particulier d’études ou d’instruction ; c’est ainsi que nous n’y avons trouvé à peu près aucun représentant de la faune locale. »
La restauration des cages et des pavillons pour Marseille 2013
Organisé en deux phases de travaux, par groupes de fabriques, liées à la géographie des lieux et à la temporalité des festivités organisées pour Marseille 2013, capitale européenne de la culture, le chantier a débuté en septembre 2012, avec un délai de travaux court de 6 mois. La restauration a notamment concerné les anciennes cages des ours, des fauves, des singes, des aigles et le pavillon de la Girafe.
Cette restauration a permis l’installation du Funny Zoo, un zoo unique au monde qui proposait une exposition permanente gratuite avec plus de 110 animaux de taille réelle en fibre de verre. Aujourd’hui très peu ont survécu à la sauvagerie…humaine !