La gare de Saint-Antoine est mise en service le 15 octobre 1877 par la Compagnie des chemins de fer de Paris à Lyon et à la Méditerranée (PLM), lorsqu’elle ouvre à l’exploitation la ligne directe de Marseille à Aix par Gardanne. Outre le quartier de Saint-Antoine elle dessert également celui des Aygalades qu’elle a relié à la gare par une avenue, après avoir refusé, en 1874, d’y implanter une station. Saint-Antoine, gare de croisement, est établie à proximité du passage à niveau par lequel la ligne traverse la route nationale 8 reliant Aix-en-Provence à Marseille. Cet endroit va être un lieu d’embouteillage récurrent.
En 1897, le conseil d’administration du Touring-club de France décerne une gratification de 20 francs à son garde barrière, monsieur Girard, pour son attitude complaisante en faveur des cyclistes qui sont nombreux sur cette route.
En 1911, c’est une gare de la Compagnie du PLM, qui peut recevoir et expédier des dépêches privées. Elle est ouverte au service complet de la grande vitesse, à l’exclusion des chevaux chargés dans des wagons-écuries s’ouvrant en bout et des voitures à quatre roues, à deux fonds et à deux banquettes dans l’intérieur, omnibus, diligence, etc. Elle est également ouverte au service complet de la petite vitesse, avec les mêmes restrictions. Elle est située sur la ligne de Lyon à Grenoble et à Marseille, entre la gare de Septèmes et la station des Aygalades-Accates. En 1912, on y établit un quai à bestiaux. L’activité de la gare de Saint-Antoine est alors proche de celle de la gare de l’Estaque (1848). En 1924, une grue de chargement de 10 tonnes est installée, et en 1925, l’embranchement particulier de l’entreprise Delestrade est mis en service.
En 1942, la suppression du croisement à niveau de la route, qui ralentissait le trafic tant ferroviaire que routier, est obtenu par le rehaussement de la voie et la construction d’un pont métallique par-dessus la route. Le trafic voyageurs est fortement concurrencé par la ligne de tramway, puis de trolleybus, puis d’autobus, reliant Marseille à Aix par la route nationale. Jusque dans les années 1960, la gare a encore une activité marchandises résiduelle, mais elle est finalement fermée à tout trafic.
Nouvelle gare
Le 9 décembre 2006, la section d’Aix à Marseille est fermée pour être modernisée, la ligne est totalement neutralisée pour une réfection complète. La nouvelle gare de Saint-Antoine, déplacée de quelques dizaines de mètres par rapport à la gare d’origine, est mise en service le 14 décembre 2008 par la Société nationale des chemins de fer français (SNCF), lorsqu’elle rouvre à l’exploitation la ligne de Marseille à Aix, après une fermeture de deux années pour sa réhabilitation et sa modernisation. Une inauguration officielle des nouvelles installations a eu lieu le 24 novembre. Dès l’ouverture il est prévu, dans le cadre d’un « projet d’humanisation des haltes », initié par la SNCF, la région PACA et l’association Médiance 13, d’apporter une présence physique aux heures de pointe du mardi au samedi. Des médiateurs, ayant une formation « Moniteur Éducateur », ont notamment pour missions : d’écouter et d’informer pour orienter les voyageurs, favoriser un comportement citoyen et éviter les prises de risque comme la traversée des voies.
En 2021 la Gare de Saint-Antoine a pris un sacré coup de fraîcheur en 2021 sous les coups de bombes des street-artistes Nyoto et Braga Last One en partenariat avec Caparol France et le Caparol Center de Marseille…les murs se sont parés de nombreux visages d’artistes Marseillais, rappeurs, écrivains et footballeur, dont Zinédine Zidane, Jul, Soprano, Keny Arkana et bien d’autres.
