À la tête du club, un président a marqué son histoire par son charisme et son courage durant la Seconde Guerre mondiale : Francis Di Giovanni (1972-1998). Il restera à son poste jusqu’à son décès en décembre 1998. Le stade de football du club porte aujourd’hui son nom. C’est en 1979 que l’US Endoume Marseille fusionne avec le FC Catalans, club du quartier éponyme, pour former l’USMEC. En mars 1988, le club alors en DH, a notamment remporté un 32e de finale de la Coupe de France contre l’AS Cannes. L’équipe coachée par Léon Galli avec dans les rangs Laurent Spinosi, le buteur marseillais Pierre Frigout ou encore Marcel De Falco termine championne du groupe H de Division 4 et monte en Division 3 groupe Sud pour la saison 1990-19913. Le 19 mai 1991, lors d’un match au stade Vélodrome perdu contre Grenoble sur le score de 2 buts à 0, Endoume rate de peu la montée en Division 2 en terminant troisième derrière la réserve de Montpellier HSC et le FC Grenoble, niveau qu’aucun autre club marseillais excepté l’Olympique de Marseille n’a encore pour l’instant atteint.
Pour ce faire, le club peut compter sur sa notoriété afin de faire venir des partenaires pour ainsi augmenter le budget du club et parvenir aux objectifs fixés. Malgré un petit budget, le club de l’US Endoume Catalans gère 30 équipes, dont une majorité de jeunes de 4 à 18 ans, mais aussi des équipes de filles en moins de 16 ans et séniors et des équipes Cécifoot (malvoyant et non-voyant).
Après trois saisons passées à ce niveau, le club marseillais entraîné par Jean-Marc Pilorget descend en National 3 lors de la saison 1992-19935. En 1994 l’illustre Francis Di Giovanni laisse sa place de président à Daniel Guedj chef d’entreprise dont l’ambition avec l’aide de José Anigo de créer un 2ème club professionnel dans la cité phocéenne, mais cela ne durera qu’une saison car après la démission de Daniel Guedj, Francis Di Giovanni récupèrera les clés de son club. En 1995-1996, pour la première fois de l’histoire, lors du 32e de finale de la Coupe de France, Endoume alors en National 3 affronte le grand frère de l’Olympique de Marseille au stade Vélodrome devant près de 10000 spectateurs le 13 janvier 1996. C’est l’OM alors entraîné par Gérard Gili qui remporta la rencontre sur le score de 2 à 0 face aux joueurs endoumois entraîné par José Anigo. Après cette période faste, le club retombe dans l’anonymat du CFA 2 mais il n’en reste pas pour autant ambitieux comme l’expliquait le regretté Francis Di Giovanni à l’époque président du club depuis 27 ans : « Notre vocation n’était peut-être pas de monter en Division 2 lorsque nous en avons eu la possibilité. À l’époque de Rolland Courbis, ce n’était que du plaisir. Je ne sais pas si nous aurions eu assez de ressources pour bien vivre en D2. Mais vous savez, dans le football, de nos jours, il ne faut préjuger de rien. Notre ambition, cette saison est de se maintenir. Notre recrutement a été à la hauteur de nos moyens, c’est-à-dire assez restreint. Nous essaierons surtout d’amener nos équipes de jeunes à franchir le rubicon des championnats nationaux. »
Car si l’USMEC a comme vocation d’accueillir en son sein la population des jeunes des quartiers de Marseille, elle a aussi à faire vivre une équipe première à un niveau National.
Promu de CFA 2 en CFA après la saison 1997-1998 après avoir fini second derrière Valence, Di Giovanni souhaitait que son club fasse un petit tour en National. « Mon rêve serait évidemment de jouer en National. Pour Endoume, ce serait une forme d’apothéose. Mais la réalité, c’est tout faire pour conserver un niveau national à un maximum de nos équipes. » Pour cela, Léon Galli est alors revenu aux affaires. C’est lui qui avait conduit l’équipe en CFA lors de sa première saison d’entraîneur. À l’issue de la saison 2000-2001, Endoume accède au Championnat de France Amateur et y jouera jusqu’en mai 2007 où le club connait une dernière place au classement synonyme de relégation en Championnat de France amateur 2. Après deux saisons passées en CFA 2, le club descend une nouvelle fois et rejoint le championnat de la Division d’Honneur en 2009.
Lors de la saison 2010-2011, l’USMEC finit à la onzième place du championnat et descend en Division d’Honneur Régionale, l’équivalent de la 7e division. En 2013, le nouveau président Patrick Michelucci, enfant du quartier, succède à Robert Lubrano di Sbaraglione qui était le président depuis 1999 à la suite de la disparition de Francis Di Giovanni. « Objectif : le CFA d’ici 4 à 5 ans » dixit Patrick Michelucci. Ce dernier souhaite mélanger les jeunes joueurs de l’équipe fanion à des joueurs expérimentés habitués aux joutes de la Division d’Honneur. La priorité est de redonner des moyens en plus pour la formation. Le club compte 500 enfants sur près de 600 licenciés dont une section Cécifoot. Ainsi, l’USMEC peut compter sur un réservoir de joueurs importants. Il a également un objectif de jouer un rôle social en faisant venir des gens au stade car Marseille est une ville qui aime profondément le football, celui-ci est ancré dans l’ADN de la ville9. Le club remonte en Division d’Honneur à l’issue de la saison 2013-2014.
La saison 2016-2017 est une grande réussite pour l’entité marseillaise : le club finit second de Division d’Honneur derrière l’AS Cannes et obtient ainsi son ticket pour l’étage supérieur, le National 3, pour la saison 2017-2018. En outre, les hommes de Grégory Poirier remportent leur quatrième Coupe de Provence de l’histoire du club en battant en finale un autre club marseillais, le SMUC, sur le score de 3-0. Le club redescend en National 3 à l’issue de la saison 2019-2020.