L’ancien hôtel du commandeur a été détruit en partie en août 1944 à la suite de l’explosion du dépôt de munitions et d’explosifs entreposés là par l’armée d’occupation allemande. D’une datation incertaine, il oscille entre le XIe siècle et le XIIIe siècle selon les travaux divers des historiens. Il est attesté dans des textes de 1385 : les Six de la Guerre (représentant des institutions) qui étaient conseillers de la ville affectés à sa défense, avaient constaté la nécessité de remettre les remparts côté mer en état, depuis l’anse de l’Ourse, au-delà de la Major, jusqu’à la tour Saint-Jean. Ils demandèrent donc aux Hospitaliers de murer les fenêtres de l’hôtel du commandeur qui se trouvaient en façade et interrompaient ainsi l’enceinte fortifiée. Sur le toit, il était prévu d’installer un chemin de ronde avec hourds 3 et échauguettes 4, mais les Hospitaliers ne semblent pas avoir été très prompts à s’exécuter puisque d’autres textes datés de 1407 puis 1408 leur rappellent leurs obligations.
On sait aussi que la commune finit par effectuer les travaux à ses frais en 1409.
L’hôtel abrita la délégation papale accompagnant Urbain V, par ailleurs abbé de Saint-Victor, en octobre 1365. Le pape avait en effet apporté de ses propres deniers de quoi faire fortifier la grande abside de l’église, rénover le maître-autel et mettre au travail hommes et femmes de Marseille depuis son élection en 1362. Au début du XVIIe siècle, l’hôtel était inoccupé, les Hospitaliers s’étant établis à Rhodes. Il fut loué en partie à un marchand, l’autre partie servant de logement au capitaine de la tour Saint-Jean. De 1634 à 1656 cependant, il fut totalement rénové. En 1657, les visiteurs de l’Ordre notent que “laquelle maison est la seule de la ville de Marseille que peut loger les princes et personnes de haute qualité y venant.” Les modifications les plus importantes concernant l’ancien hôtel du commandeur, datent du XVIIe siècle au moment de la conversion des lieux par Louis XIV.
Il fut partiellement démoli, la partie basse étant incorporée à un mur de six mètres de hauteur, vraisemblablement abaissé pour mieux surveiller la passe. En 1679, Vauban succédant à Clerville architecte du Roi, fit construire une batterie à barbette, permettant de tirer le canon à découvert au pied de la tour et de l’hôtel en cas d’arrivée de navires hostiles dans la passe. La Commanderie en général servit alors de caserne. Tout le parement extérieur fut réalisé en pierre de la Couronne, ce qui donne son aspect rosé au fort, dans une unité de matériau avec la tour Saint-Jean. Cependant, par mesure d’économie, la maçonnerie intérieure était constituée de blocs de poudingue réunis avec du mortier de chaux. Sous le Second Empire, les ouvertures de la façade donnant sur la passe furent modifiées pour offrir une vue homogène avec de grandes ouvertures bien régulières. Il s’agissait d’offrir une vue homogène depuis le palais du Pharo destiné à l’impératrice Eugénie.
Après la Seconde Guerre mondiale, l’armée reprend possession du fort. En 1964, le fort Saint-Jean fut inscrit à l’Inventaire Supplémentaire des Monuments Historiques. Le Ministère des Affaires Culturelles devint ainsi propriétaire. En 1970, l’ancien hôtel du commandeur fut affecté au DRASSM. A partir de 1966, André Malraux créa officiellement ce service du ministère des Affaires culturelles suite aux opérations menées par le Commandant Cousteau et les débuts de l’archéologie sous-marine. En 1967, il le dota d’un navire unique au monde, l’Archéonaute. Les locaux sont aujourd’hui déplacés dans la zone de l’Estaque et en 2006 le nouveau dépôt a ouvert aux Milles. Le DRASSM compte également une bibliothèque et travaille avec le Ministère de la Culture sur les données recueillies depuis sa création. En 2013, le Musée des civilisations de l’Europe et de la Méditerranée (MuCEM) et l’Institut national du patrimoine (Inp) ont créé ensemble l’Institut méditerranéen des métiers du patrimoine (I2MP), dédié à la formation des professionnels et tourné vers les enjeux et les besoins du patrimoine méditerranéen.
Sa mission : former aux méthodes de conservation et de restauration, à la gestion et à la mise en valeur des patrimoines. Créé pour favoriser les échanges entre les professionnels du patrimoine, l’I2MP est ouvert à toutes les expériences et tous les projets du bassin méditerranéen et constitue un lieu d’échanges et de coopérations, visant à rassembler l’ensemble des professionnels du patrimoine en Méditerranée autour d’activités de formation. Fondé sur une définition large du patrimoine, matériel et immatériel, l’I2MP s’attache tout particulièrement à associer l’expertise technique et scientifique à une parfaite connaissance des contextes culturels dans lesquels s’inscrivent ces patrimoines.
